医学进展
2011年01月号
医学进展
在他乡

生物信息划时代的变革:生物维基

常见生物wiki

Wiki

关注领域

网址

网页数量

Ecoliwiki

大肠杆菌基因和蛋白质

ecoliwiki.net

63784

PdbWiki

蛋白质结构

pdbwiki.org

64071

Wikigenes

基因、蛋白质和生物化学

www.wikigenes.org

123332

Rfam Wiki

RNA家族

en.wilipedia.org/wiki/
User:
Ppgardne/Rfam0.0

824

Gene Wiki

基因

en.wikipdeia.org/wiki/
Portal:Gene_Wiki

10118

 

    现今生物科技迅速发展,科学信息以太字节(10的12次方)速度更新,传统数据库模式通过中心数据库有限人员收集整理信息的模式已经落后,新的数据管理模式维基(wiki)带来了新思路,有望解决这个难题。

    wiki源自夏威夷语,意为“快速”,是一种可供协作的网络技术,网站通常采用社区模式架构,被网站授权的任意注册用户可以自由协作编辑“词条”,供人免费浏览。其中最成功案例当属维基百科(wikipedia),目前是全球第5大网站。但是wikipedia对生物科学数据管理有限,诸如蛋白晶体构型、基因突变等重要学科的发现很难引起社区网站编辑的关注从而被编辑更新。有学者建立更加专业的生物wiki(常见生物wiki详见上表)。生物wiki采用wiki的技术和架构模式,主要针对生物基因、蛋白等生物科学进展,由于可以自由分享他人提供的免费数据而吸引了大量生物学者。

生物wiki具有以下特点:

    提高了科学信息传播的效率和速度:以genewiki网站为例,网站有1万个词条(每个词条对应1个基因),每月吸引1千位志愿者编辑词条、400万人次浏览网页。实验室发现的最新基因清单可以第一时间公布,为科学家提供了更迅速地获取科学进展的途径。

    非专业人员志愿者编辑的贡献同样重要:尽管非专业人员对生物科学的兴趣和知识很少能达到编辑词条水平,但对页面架构和标准化方面的贡献也很重要、很有价值。

生物wiki面临的挑战:

    Wiki的数据管理模式:Wiki数据库中的数据间缺乏精确的数据联系,和高度架构的专业数据库搜索引擎匹配度较差。目前wiki网站多使用软件包解决该问题。比如查找在特定组织表面表达的蛋白激酶磷酸化蛋白,可以使用软件搜索而无需查找每个生物化学反应。

    wiki网站志愿者编辑的管理问题:wiki网站志愿者编辑没有奖金、升职的激励,仅仅依靠在网站内赢得知名度的吸引力是无法获得稳定、职业化的工作质量保证的。基金和投资的引入有望给wiki的发展带来里程碑式的改变。

    不管怎样,生物wiki将给生物科学的发展带来划时代的、实质性的变革。(编译:张莉)

参考文献:《Nature》2010;468:359-360

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