在废水中检测到冠状病毒的变异，比在人体中检测到要早得多。感染冠状病毒的人通过粪便将病毒排出。世界各地数百个城市已经把在废水中检测病毒的存在作为监测行动的一部分。现在研究表明，检测可以发现存在哪些基因变异，并指出潜在的危险新变异。

加州大学伯克利分校的Kara Nelson和她的同事最近从旧金山的污水中提取了有用的序列信息。由苏黎世联邦理工学院的Niko Beerenwinkel领导的另一个团队于2020年12月中旬在瑞士的污水样本中发现了B.1.1.7冠状病毒变种基因组(该变种首现于英国)，在发现该变种两周后，瑞士出现了首例确诊的变种感染病例。

Nelson说:“我们已经证明了这种方法的可行性，并且正尝试在更大范围内应用。”她的团队与加州公共卫生部合作，希望在四周内运行废水测序系统。

英国COVID-19基因组学联盟(COVID-19 Genomics UK Consortium)的Sharon Peacock说，这种病毒虽然在废水中被稀释，但只要1 000人中至少有1人排出这种病毒，就可以检测到。1/1000是一个相对较低的感染率，要知道英国部分地区最近的感染率约为1/30。英国对冠状病毒进行污水监测，并正在对此增加测序能力。

废水监测的另一个好处是，每个使用污水系统的人都会在不知不觉中被采样，而不仅仅是那些主动接受检测、治疗的人。废水监测也会将无症状携带者的样本采集在内，而他们可能传播新的突变体。

Nelson说:“我们非常乐观地认为，这可能是一种为大规模人群提供监测的真正有效的方法。”对于没有能力或资金进行大规模新冠检测的低收入国家来说，这可能非常有用。