公元5世纪，罗马帝国崩溃，欧洲进入长达千年的黑暗中世纪(Middle Age or Dark Ages)，政教合一抛弃了希波克拉底和盖伦开创的医学，代之以神学，认为疾病是上帝的惩罚，祈祷成了标准的治疗。而向西亚扩张的穆斯林则进入医学的黄金期。

公元9世纪，著名的伊斯兰医生拉齐(Al-Rhazi)和伊本•西拿［Ibn Sina，又称阿维森纳(Avicenna)］共同书写了阿拉伯医典。

他们特别继承了希波克拉底及盖伦的医典理论，并融合了印度手术技巧，以及中国医学的阴阳气血理念，集大成地编写、翻译了50余部医学著作。他们向临床医生强调深入临床观察和对症治疗的重要性，描述了多种草药及矿物药，包括水银，发明了肠线用于伤口缝合。

阿拉伯医典被翻译成拉丁语、英语，传回欧洲，成为西医教学及临床的经典参考书。